Uno de los objetivos del museo es garantizar la conservación del patrimonio.
La creación del actual Museu Diocesà de Mallorca ha supuesto un largo y difícil proceso de consolidación a lo largo del siglo XX. Los objetivos que se desprenden de esta intervención se articulan en torno a dos líneas básicas: 
por una parte, garantizar la conservación del patrimonio, entendida como la gestión integral de unas colecciones que deben conformar un museo vivo, con una exposición coherente, comprensible y didáctica. En segundo lugar, articular un discurso a través de la exposición, que habla de la historia de la iglesia local y de la iglesia como inspiradora y promotora de las Artes.
De esta manera, la visita a exposición permanente del Museo Diocesano supone recorrer cronológicamente y estilísticamente la historia de la iglesia a través de sus principales piezas. Estas obras, escogidas de entre las colecciones diocesanas, son referentes de la historia del arte de Mallorca.