Considerado uno de los científicos españoles más destacados, su investigación se ha centrado en el estudio de las secuencias de proteínas para la reconstrucción de la historia evolutiva, si bien ha investigado también sobre el origen de la malaria, el mal de Chagas y otras enfermedades parasitarias. Asimismo, se especializó en filosofía de la biología, la bioética y la relación entre la ciencia y la religión, si bien colgó los hábitos. Ayala, que residía en Estados Unidos, firmó así más de 40 libros y un millar de trabajo científicos. También fue nombrado doctor honoris causa por decenas de universidades de distintos países, como Grecia, Argentina, Polonia, Rusia, Estados Unidos o España, entre otras.
También fue asesor del expresidente estadounidense Bill Clinton y recibió el Premio Templeton, así como fue miembro de la Academia de Ciencias de Estados Unidos, de la que fue expulsado en 2021 al dar por probado que acosó sexualmente a varias compañeras. La expulsión se llevó a cabo después de que en 2018 Ayala tuvo que presentar su renuncia en la Universidad de California, en Irvine, tras una investigación que lo declaró culpable de acoso sexual. El biólogo negó las acusaciones en su contra, que incluían hacer comentarios sexualmente sugerentes e invitar a una profesora junior a sentarse en su regazo. El físico teórico estadounidense Lawrence M. Krauss ha lamentado la muerte de Ayala, «una pérdida para la ciencia y para el mundo», según ha expresado en un articulo en su blog dedicado al biólogo. De él, también ha destacado que fue un «erudito» y un «caballero» que trabajo para «defender la enseñanza de la evolución, incluso para convencer a la Iglesia Católica de no abandonarla».
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