En el año 1997 fue nombrado magistrado de la Sala de lo Civil y Penal del Tribunal Superior de Justicia de Balears, cargo que ocupó hasta su jubilación en el año 2000. Volvió a ejercer la abogacía en su despacho, junto a sus hijos, Salvador y Carmen. Como abogado defendió a dos expresidentes del Govern, a Gabriel Cañellas, en el 'túnel de Sóller' y a Jaume Matas en el 'caso Palma Arena'. El primero fue abuelto por prescripción. El segundo provocó a 'Don Rafael' intervenciones in extremis como el registro de su palacete una Nochebuena.
En el Consell Consultiu tomó posesión como consejero en 2004. Fue nombrado presidente del órgano en 2011 y defendió su independencia frente a posibles injerencia del entonces presidente, José Ramón Bauzá. Fue también miembro de la Comisión de Juristas Internacionales que redactó por encargo de Naciones Unidas las «Reglas Mínimas del Proceso Penal» (1990-1992) y formó parte de la comisión de expertos para la reforma de la Compilación del Derecho Civil de Balears (1998-1999) y coordinador del Área Jurídica de la «Universidad Internacional del Mediterráneo» (1994-1996).
Perera presidió la Real Academia de Jurisprudencia y Legislación de Baleares. Raramente se perdía una reunión del órgano incluso en estos últimos años. En 2017, el Colegio de Abogados de Balears le reconoció con el premio Degá Guiem Frontera a la Ética Jurídica. El jurado valoró «las virtudes que reúne como profesional del Derecho en todas sus facetas, puestas de manifiesto a lo largo de su dilatada trayectoria profesional, destacando por su exquisito trato y lealtad con todos los operadores de la justicia, así como por la defensa de la independencia del abogado y la observancia de los principios deontológicos que presiden el ejercicio de la profesión». El acto de entrega fue un gran homenaje.
